I reperti sono esposti in ordine cronologico, cominciando dalla sezione preistorica e proseguendo nelle sezioni dedicate all‘età classica. Le altre sezioni presenti sono quella vulcanologica, molto interessante per capire il contesto delle civiltà che hanno vissuto sulle Isole Eolie, quella epigrafica, quella paleontologica e quella dedicata ai reperti rinvenuti nei relitti di navi affondate nelle acque delle Eolie.
La sezione più interessante e più ricca di pezzi unici è quella dedicata all’età classica: i pezzi esposti sono migliaia, e c’è da perdersi tra le decine e decine di vasi greci decorati in stili diversi a seconda dell’epoca e della provenienza. Tra tutti i reperti presenti nella sezione classica segnalo i più straordinari: una collezione di maschere teatrali greche di terracotta, rinvenute in un corredo funebre, con i principali personaggi delle tragedie e delle commedie greche. Insieme alle maschere sono state trovate anche decine di statuette di terracotta che raffigurano scene teatrali, piccole miniature che non parlano solo di teatro, ma che illustrano anche la vita quotidiana degli abitanti della Magna Grecia.
